В иммуноферментном анализе антитела или антигены помечены ферментом, чаще пероксидазой хрена или щелочной фосфатазой. После отмывки несвязавшихся компонентов в лунку добавляют субстрат, фермент превращает его в окрашенный продукт, и фотометр измеряет оптическую плотность раствора.
Классическим форматом ИФА является 96-луночный планшет. Методом ИФА определяют гормоны и онкомаркеры, а в серологической диагностике с его помощью выявляют специфические антитела к возбудителям инфекций. На ферментной метке построены и многие
иммунохимические анализаторы, которые выполняют все этапы анализа без участия лаборанта.